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主祭神は、日本の元を造ったとされる国造りの神様、伊邪那岐命（いざなぎのみこと）と伊邪那美命（いざなみのみこと）。他にも16柱の神々を祀っています。

古くから那岐山全体が神として崇められ、那岐大明神と呼ばれていました。やがて、村内（今の宮ノ本集落）に歓請され、現在の場所へ遷座したとされます。

参拝殿と本殿の真後ろには、なんとJR因美線の線路が！国鉄時代に境内に通してしまったまま今日まで列車が走るに至っています。のどかな山里の原風景が一帯に広がっている村の、静かな神社に列車が走るさまはなんとも不思議な光景です。

那岐神社では毎年10月の第二土曜日に秋の例大祭が行われます。麒麟獅子舞や浦安の舞、子ども相撲など多彩な奉納が繰り広げられます。

因幡地域で舞われる獅子頭が麒麟の麒麟獅子舞、多くが金色の頭に赤い身体をしていますが、那岐神社の麒麟獅子は若草色をしています。この色の麒麟獅子舞は他にはおらず、ここでしか見ることができません。